El Área de Seguridad es la encargada de organizar y coordinar todos los servicios de seguridad que han de servir de apoyo al resto de la organización, desempeñando funciones relativas a:
- Seguridad anti-intrusión, control de accesos y orden interno en la sede de Torrejón y coordinación de la gestión de la seguridad en otros Centros del INTA.
- Gestión de los servicios contra incendios y autoprotección en la sede de Torrejón y coordinación de estos servicios en otros Centros del INTA.
- Gestión del mantenimiento de los sistemas de seguridad (anti-intrusión, control de accesos, CCTV, etc.) y sistemas contra incendios en la sede de Torrejón de Ardoz, así como la coordinación de esta gestión en otros Centros.
- Gestión de los tratamientos de datos de carácter personal existentes en la sede de INTA-Torrejón y la coordinación de esta gestión en otros Centros. Coordinación con la Oficina LOPD de la Secretaría de Estado y del CESTI del Ministerio de Defensa, así como el Delegado de Protección de Datos del Ministerio de Defensa.
- Gestión de las infraestructuras críticas existentes en el INTA y que sean así declaradas por el CNPIC (Centro Nacional de Protección de Infraestructuras Críticas de la Secretaría de Estado de Seguridad del Ministerio del Interior) y la coordinación de estas infraestructuras críticas existentes en los demás Centros del INTA.