El Departamento de Sistemas de Defensa NBQ realiza las siguientes funciones:
- Gestionar técnica y administrativamente las actividades de investigación, desarrollo, innovación, experimentación y certificación en los ámbitos de Defensa NBQ.
- Dirigir y ejecutar, bajo condiciones de seguridad, los ensayos con muestras ambientales y pruebas de fuego sobre los sistemas relacionados con la defensa NBQ.
- Realizar la caracterización, evaluación, certificación y optimización de los equipos de Defensa NBQ tanto individuales como de plataformas militares o civiles.
- Llevar a cabo el estudio y actualización de nuevos procedimientos de ensayos para la detección rápida, identificación inambigua de agentes NBQ.
- Efectuar análisis forenses de las muestras físicas obtenidas en incidentes NBQ que le sean encomendados.