Cualquier modificación introducida en el control debe ser testeada y probada antes de ser llevada al aire; por ello, una extensa batería de pruebas es necesaria para comprobar que el cambio en el control o el modelo tiene los efectos esperados. También se estudian de esta manera las posibles interacciones indeseadas que la modificación pueda haber introducido en el desempeño de la aeronave.
Tras lo que vienen a ser las pruebas en el Software In The Loop (SWIL) llevadas a cabo en los simuladores del Área, es necesario probar los cambios en una réplica del hardware embarcado. Esto es así porque aunque los simuladores son precisos en el modelo matemático de mecánica de vuelo, nunca pueden simular al detalle el hardware del flight control: hay que acudir a una réplica exacta del mismo para ver cómo responde.
Para ello se simulan las entradas de sensores y actuadores en una computadora auxiliar llamada MSA (Modelo de Simulación de Aeronave). El objetivo es probar el desempeño en condiciones lo más realistas posibles e identificar cualquier posible interacción no prevista.
Este nivel de pruebas de Hardware In The Loop (HWIL), permite probar los cambios del flight control y sus interacciones con el sistema a nivel hardware si acaso los hubiera. Cada aeronave dispone de un modelo diferente de MSA, permitiendo la mayor representatividad posible en las pruebas realizadas.