El centro de control estará concebido como el núcleo operativo del CIAR. En él confluyen tres facetas básicas e imprescindibles para cada operación del mismo:
Los tres anteriores puntos confluyen en una estructura funcional que coordina las anteriores necesidades, de acuerdo a la figura A.
El resultado de unir las necesidades anteriores es ofrecer a los futuros usuarios del CIAR un servicio integral y completo, innovador, para la realización de ensayos de Plataformas Aéreas de Investigación tanto tripuladas como no tripuladas, pruebas y trabajos experimentales necesarios para certificar, calificar, comprobar, homologar, integrar, ensayar e investigar, componentes, equipos, subsistemas y sistemas.
La información transmitida por los sistemas en operación es visualizada en tiempo real en el centro de control, donde se integran todos los sistemas. Este núcleo operativo del centro dispone de 5 posiciones de operador y una base de tiempos universal de referencia para todas las operaciones. Desde el centro de control se lleva a cabo la recepción, distribución, procesamiento, muestra y almacenaje de los datos obtenidos en los ensayos en vuelo.
Además, se dispone de un software de gestión KVM con el que se puede asignar a cada puesto el control de cualquier sistema.