La arquitectura hardware del SICANT sigue una estructura que ha ido evolucionando desde las primeras versiones de los autopilotos y sistemas de control del Área de Mecánica de Vuelo hasta su versión actual. En ella podemos encontrar tres partes principales diferenciadas:
Existen además una serie de subsistemas auxiliares a la operación, como los elementos dedicados a la comunicación con la estación de tierra o la carga de pago entre otros. El SICANT control y coordina todos ellos en función de la operación y la misión que se vaya a llevar a cabo con el RPAS.